Attività Didattica

Orario di ricevimento

Martedì -giovedì ore 11.30-12.30 previa prenotazione via mail presso la Sezione di Malattie Infettive del Dipartimento di medicina Veterinaria.

Avvisi

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Materiali didattici

Corsi attribuiti

Microbiologia e virologia molecolare nell’ambito del corso Igiene integrato con Microbiologia e Virologia Molecolare (104 ore) - del corso di Laurea Triennale in Biotecnologie mediche e farmaceutiche (L2) presso il Dipartimento di Bioscienze, biotecnologie e ambiente dell’Università degli Studi di Bari Aldo Moro;

Biologia molecolare presso la Scuola di Specializzazione in “Malattie Infettive, Profilassi e Polizia Veterinaria” (40 ore) del Dipartimento di Medicina Veterinaria Università di Bari Aldo Moro;

Biologia molecolare applicata alle malattie infettive presso la Scuola di Dottorato di Ricerca in “Sanità Animale e Zoonosi” (20 ore) del Dipartimento di Medicina Veterinaria Università di Bari Aldo Moro

Programma didattico Microbiologia e virologia molecolare:

Didattica frontale:

-Struttura dei virus;

-Tecniche diagnostiche biomolecolari (Estrazione acidi nucleici, PCR ed elettroforesi in gel di agarosio e Real Time PCR);

-Tecniche diagnostiche tradizionali (colture cellulari, infezione monostrato, tecniche virologiche dirette, tecniche sierologiche indirette);

-Genomi virali;

-Classificazione dei virus;

-Replicazione virale

-Patogenesi virale

-Evoluzione dei virus

-Fondamenti di microbiologia

Attività pratiche ed esercitazioni:

-Strumenti di laboratorio ed estrazione degli acidi nucleici;

-Reazione a catena della polimerasi (PCR) ed elettroforesi in gel di agarosio;

- Real Time PCR e colture cellulari;

- Infezione monostrato, titolazione virale, emoagglutinazione;

- Sieroneutralizzazione ed inibizione dell’emoagglutinazione;

- Immunofluorescenza e ELISA.

Testi di riferimento

Nigel J. Dimmock Andrew J. Easton Keith N. Leppard Introduzione alla Virologia moderna Casa Editrice Ambrosiana. Distribuzione esclusiva Zanichelli 2017

Appunti di lezione

Programma didattico Biologia molecolare:

-Introduzione alla biologia molecolare:

La struttura degli acidi nucleici: struttura DNA ed RNA. Basi azotate, nucleosidi, nucleotidi. Meccanismo di replicazione del DNA in procarioti ed eucarioti. Struttura dei geni procariotici ed eucariotici. La DNA polimerasi. Espressione del genoma. La trascrizione nei procarioti ed eucarioti: inizio, allungamento e terminazione/ maturazione dell’mRNA. RNA polimerasi.

-Diagnosi molecolare delle malattie infettive:

Campioni in laboratorio di diagnostica. Protocollo campioni. Metodiche di estrazione degli acidi nucleici da differenti matrici mediante kit commerciali e tecniche in-house. Good Laboratory Practices e variabilità preanalitica e analitica dei risultati. Polymerase Chain Reaction (PCR). Applicazioni della tecnica PCR (nested, multiplex, retrotrascrizione). Analisi di prodotti di PCR mediante elettroforesi su gel di agarosio. Sensibilità, specificità e valore predittivo dei test molecolari (falsi positivi, falsi negativi).

-Metodi quantitativi di rilevazione degli acidi nucleici:

Real-time (RT)-PCR. Differenza tra Endpoint (RT) PCR e Real Time (RT)-PCR. Chimiche della real-time PCR. Chimica sybr green e curve di melting. Chimica reporter: sonde fluorescenti. Sonde ad idrolisi Taqman. Sonde minor groove binder MGB. Curva di amplificazione. Ciclo soglia. Quantificazione degli acidi nucleici relativa e assoluta. Caratterizzazione di agenti virali e batterici di interesse veterinario.

Programma didattico Biologia molecolare applicata alle malattie infettive

Metodiche di estrazione degli acidi nucleici da differenti matrici mediante kit commerciali e tecniche in-house. Polymerase Chain Reaction (PCR). Applicazioni della tecnica PCR (nested, multiplex, retrotrascrizione). Analisi di prodotti di PCR mediante elettroforesi su gel di agarosio. Sensibilità, specificità e valore predittivo dei test molecolari (falsi positivi, falsi negativi). Real-time (RT)-PCR. Caratterizzazione di agenti virali e batterici di interesse veterinario. Nuove tecnologie di sequenziamento-Next Generation Sequencing (NGS). Piattaforme di sequenziamento di II generazione. Cenni sulle piattaforme di sequenziamento di III generazione. Concetto di metagenomica. Banche dati di sequenze biologiche (NCBI ed EBI). Strumenti bioinformatici di analisi delle sequenze. Applicazione di specifici tool per la gestione delle sequenze estratte dalle banche dati. Analisi delle sequenze e implicazioni pratiche. Allineamenti di sequenze. Costruzione di alberi filogenetici.