DOTTORATO DI RICERCA

Università degli Studi di Bari "Aldo Moro"

DOTTORATO DI RICERCA 
CICLO XXVIII

1. DENOMINAZIONE DELLA SCUOLA DI DOTTORATO DI RICERCA

SCIENZE DEL BENESSERE

2. INDIRIZZO IN

BIOTECNOLOGIE APPLICATE AI TRAPIANTI DI ORGANI E TESSUTI

2.1 COORDINATORE DI INDIRIZZO

2.2 CURRICULUM DEL COORDINATORE DI INDIRIZZO

Il Prof. Giovanni B. Pertosa è Professore Associato dell'Università degli Studi di Bari presso la Sezione di Nefrologia del DETO. Dal 1.11.2000 ricopre l'incarico di Dirigente di 1° livello (Responsabile di Struttura Semplice) del Centro Emodialisi dell'AO Policlinico di Bari. E' titolare dell'insegnamento di Nefrologia presso i corsi di Laurea triennali di "Fisioterapista", "Scienze Infermieristiche", "Tecniche di Fisiopatologia Cardiocircolatoria e Perfusione Vascolare" e nella Scuola di Specializzazione in Nefrologia dell'Univ. degli Studi di Bari. Referee di 4 riviste internazionali (Kidney International, Journal of Nephrology, Nephrology Dialysis and Transplantation, American Journal of Kidney Disease) ed 1 nazionale (Giornale Italiano di Nefrologia) e dal 1999 al 2005 è stato componente del Comitato Editoriale del GIN. Ha curato l'organizzazione di Congressi, Convegni e Corsi di aggiornamento nazionali (11) ed internazionali (3) ed è stato designato quale componente del Comitato Scientifico per l’organizzazione del 46° Congr. Naz. SIN. Ha fatto parte di numerosi progetti finalizzati a livello nazionale e regionale ed ha ricevuto assegni di ricerca finalizzati dall'Univ. degli Studi di Bari (dal 1994 al 2011) e dall'industria privata. Nel 2003 è stato vincitore di un progetto di ricerca finalizzato biennale PRIN cofinanziato dal MIUR (cod. prog. 2003064001) dal titolo: "La sindrome MIA in emodialisi: ruolo delle membrane dialitiche". Nel 2005 è stato vincitore di un altro progetto di ricerca finalizzato biennale PRIN (cod. prog. 2005069117002) dal titolo: "Ruolo delle calcificazioni vascolari nella patogenesi dell'aterosclerosi accelerata nell'insufficienza renale cronica". Dal 15.10.1998 al 13.11.1998 è stato visiting professor c/o il Dept. of Surgery, Univ. of Pittsburg, USA, Laboratorio di Immunoterapia, diretto dal Prof. WJ Storkus. Ha al suo attivo 345 pubblicazioni (If dei lavori sottoposti a prs: tot. 111,741; media 2,940; Cit.totali: 1059, H Index 20).

3. AMBITO

4. DIPARTIMENTO/I PROPONENTE/I DELL'UNIVERSITA' DI BARI ALDO MORO

9.1 OBIETTIVI

Il dottorato di ricerca in Biotecnologie Applicate ai Trapianti di Organi e Tessuti ha, da oltre 10 cicli, la finalità di formare ricercatori nel campo della biologia molecolare strettamente connessa ai settori scientifico disciplinari di Specialità Mediche (Endocrinologia, Gastroenterologia e Nefrologia) e Chirurgiche (Cardiochirurgia, Epatochirurgia, Urologia). In particolare, tale programma formativo triennale è orientato a fornire le basi teorico-pratiche delle biotecnologie applicate alla trapiantologia di organi umani, animali, artificiali, cellule e protesi autologhe e eterologhe

9.2 PROGRAMMA FORMATIVO

si articola nei seguenti moduli:


-1° anno: 

▪Modulo N° 1. Biotecnologie applicate ai Trapianti di organi umani e animali (crediti 3)
Metodiche per l'estrazione del DNA, PCR competitiva e Western blot

Metodiche per l'estrazione del RNA totale e messaggero
 
Metodiche di immunoistochimica e immunofluorescenza;

▪Modulo N° 2. Biotecnologie applicate agli Organi Artificiali e alle Protesi (crediti 4)
Metodiche per lo studio del RNA messaggero.
Real-time PCR. 
Tecniche di Western blot

Tecniche per la valutazione della biocompatibilità: isolamento di linfomonociti e caratterizzazione


▪Modulo N° 3. Inglese scientifico (crediti 2)


Tutoraggio e svolgimento di un progetto di ricerca che il dottorando ha scelto all'inizio del dottorato (crediti 53)



-2° anno: 

▪Modulo N° 4. Biotecnologie applicate alle cellule ed ai tessuti (crediti 4) 
Tecniche di subclonaggio del DNA
Tecniche per lo studio del DNA: Sequenziamento, metilazione della cromatina.
Genotipizzazione mediante Real-time PCR.
Tecniche per il trasferimento genico: elettroporazione, trasfezione liposomica.
Tecniche di silenziamento genico.
Tecniche di estrazione di microRNA
Tecniche di studio di espressione di microRNA
Tecniche di microarray e nanotecnologie


▪Modulo N° 5. Biotecnologie applicate alle molecole farmacologiche (crediti 2)
Tecniche di citofluorimetria e di sorting

Tecniche di isolamento e coltura di singole popolazioni cellulari


▪Modulo N° 6. Inglese scientifico (crediti 2)


Continua il tutoraggio e lo svolgimento del progetto di ricerca (crediti 54)



-3° anno: 
Completamento del progetto di ricerca e discussione della tesi di dottorato (crediti 62)

9.3 ATTIVITA' DIDATTICA

L'attività didattica del dottorato consiste in:
1)lezioni frontali relative alle discipline incluse nel programma formativo;
2)seminari svolti da docenti del corso e da docenti invitati per argomenti specifici e selezionati per il dottorato;
3)journal club per aggiornamenti sulla letteratura internazionale e per sviluppare attività di capacità critica sui punti di forza e di debolezza delle pubblicazioni analizzate; 
4)lab meeting per esporre i progetti di ricerca, i risultati ottenuti e l'aggiornamento sui dati ottenuti da ogni dottorando.

Nel corso dei tre anni il dottorando impara ad effettuare la ricerca translazionale che ha come scopo il trasferimento dei risultati, ottenuti dal progetto di ricerca, sul territorio. Pertanto vengono stabiliti contatti con industrie biotecnologiche che possono utilizzare il risultato del progetto per cui il prodotto o processo può essere trasferito sul mercato. Un esempio tra questi è stato un progetto di collaborazione nell'ambito dei tessuti con l'azienda italiana Polymekon di Brindisi. Tale progetto ha permesso lo sviluppo di biomateriali polimerici di sintesi per la realizzazione di impianti riempitivi biocompatibili per tessuti molli nei casi in cui si è verificato un deficit più o meno esteso di tali tessuti. Il prodotto di ricerca successivamente trasferito nell'industria è servito per la correzione del profilo labiale, di deficit facciale e di atrofie di particolari aree del corpo. Altri progetti dei dottorandi hanno permesso lo sviluppo di rapporti di collaborazione con industrie farmaceutiche per l'uso di molecole atte a bloccare meccanismi intracellulari responsabili di progressione del rigetto cronico nei trapianti di organi. Sono stati brevettati anche kit diagnostici.

9.4 MODALITA' DI SVOLGIMENTO DELL'INDIRIZZO

Il corso si articola in:
a)attività didattica basata sulle lezioni frontali;
b)attività di ricerca svolta nei laboratori. 
L'attività didattica è svolta nelle prime ore pomeridiane. L'attività di ricerca è svolta durante le otto ore di presenza giornaliera nelle sedi istituzionali, di cui 2-3 ore dedicate all'attività didattica. Inoltre l'attività di tirocinio è svolta nelle seguenti strutture private nazionali:
1)Consorzio C.A.R.S.O., Valenzano (Bari);
2)Apuliabiotech Scrl, Valenzano (Bari); 
3)Medestea srl, Valenzano (Bari)
4) IRCCS De Bellis, Castellana Grotte (Bari); 5) Dipartimento di Scienze Mediche e Chirurgiche - Foggia e nelle seguenti strutture internazionali: University of Texas Health Science Center San Antonio, Floyd Curl Drive, SA, TX

10. INDICARE LE PRINCIPALI LINEE DI RICERCA DEL/DEI DIPARTIMENTO/I NEL CUI AMBITO SI SVOLGERANNO LE ATTIVITA' DELL'INDIRIZZO

La struttura del Dipartimento si compone di 4 laboratori di Biologia Molecolare (Nefrologia, Endocrinologia, Gastroenterologia, Chirurgia sperimentale) coinvolti nei diversi settori della trapiantologia: rene, rene-pancreas, fegato, cuore. Inoltre è presente uno stabulario ed una sala operatoria presso la sezione di Chirurgia Veterinaria. I dottorandi partecipano ai seguenti progetti di ricerca:
1) La Banca del DNA e del RNA proveniente da pazienti affetti da IgA nefropatia e loro parenti, supportata con fondi dell’Unione Europea (QLG1-2000-00464) e del MIUR (PRIN2001-067748; FIRB2001-RBNE013JYM; PRIN2006-069815) permette lo svolgimento di progetti di genetica e genomica, proteomica, metabolomica, biologia molecolare e funzionale. Di recente è stata introdotta anche la biologia dei sistemi per disegnare modelli in silico che saranno validati in vitro ed in vivo. La Banca Europea della IgA nefropatia, coordinata dal Prof. F.P. Schena dispone di un proprio sito web (www.igan.net) consultabile dai ricercatori, clinici e pazienti. Gli studi sin ora prodotti sono stati pubblicati su riviste ad alto IF come Nature 2000, Am. J. Human Genetics 2006 e Kidney International 2010. I progetti coinvolgono l’Università di Aachen (Germania) e di Tessalonica (Grecia)
2)Lo studio sulle cellule progenitrici adulte renali iniziato 10 anni fa ha permesso l’isolamento, la caratterizzazione e l’analisi genomica delle cellule (FASEB J 2010). Il Progetto Strategico Regione Puglia ha permesso la realizzazione della Banca delle Cellule Staminali Adulte Renali messe a disposizione di altri gruppi di ricerca, studi di genomica funzionale e di stimolazione delle cellule progenitrici valutano le loro proprietà riparative. Sono in corso studi sulla realizzazione di un rene bioartificiale con l’uso delle cellule progenitrici renali. Gli studi sinora effettuati hanno prodotto pubblicazioni su Transplantation (2007-08-09-10).
3) Progressione del danno renale nel trapianto renale viene valutato con studi morfologici mediante l’uso del microscopio confocale su biopsie da protocollo effettuato su pazienti con trapianto renale. Viene anche valutato il pattern genomico a livello di tessuto renale e di linfomonociti ottenuti da sangue periferico al fine di individuare particolari biomarkers predittivi di rigetto preclinico e di inizio della fibrosi interstiziale e della atrofia tubulare. Lo studio è supportato da un progetto strategico del Ministero della Salute che vede il coinvolgimento di 4 partners (Torino, Firenze, Bergamo, Roma).
4) Profilo di espressione dei miRNA in pazienti con nefropatia diabetica di classe I e II, al fine di individuare biomarkers predittivi di malattie e comprendere i meccanismi molecolari per la messa a punto di nuovi approcci terapeutici.
5) Espressione genica di citochine ed altri fattori della flogosi nel danno renale indotto dall'ischemia-riperfusione. Il finanziamento, ottenuto dal MIUR (PRIN 2003-058915), è supportato anche da Aziende farmaceutiche. Il progetto utilizza modelli sperimentali animali per lo studio dell'ischemia indotta nei reni di maiale. 
6) Il Dipartimento ha recentemente vinto il finanziamento di €1.970.000,00 per la costituzione di un network di piattaforme ad alta tecnologia (genomica, trascrittomica, proteomica e metabolomica)per lo studio della biologia dei sistemi nelle diverse patologie umane. Nell’ambito del progetto è prevista anche ’istituzione di una nuova biobanca per il collezionamento di campioni di DNA, RNA, siero, plasma, urine e tessuti. Il progetto coinvolge le Università di Bari, Foggia, Lecce, del Consorzio CARSO, del CNR (Sezione ISSIA) e alcune aziende biotecnologiche.
7) La sezione di Medicina Interna, Endocrinologia, Andrologia e Malattie Metaboliche si occupa di svariati aspetti che riguardano la ricerca di base e traslazionale in ambito endocrino e metabolico. 
a) Sono condotti studi finalizzati alla comprensione dei meccanismi cellulari e molecolari che determinano la specificità metabolica del tessuto adiposo di vari distretti corporei, con particolare attenzione ai meccanismi che controllano il differenziamento adipocitario e al ruolo avverso del tessuto adiposo viscerale (ricerche pubblicate su Diabetes, Diabetologia, Endocrinology, e Am J Physiol). Il gruppo di ricerca è coinvolto in progetti internazionali (COST BM0602 e LIBRA), e nazionali (FIRB – MERIT).
b) Sono in corso ricerche finalizzate alla comprensione dei meccanismi del danno cellulare in malattie metaboliche, come trasduzione del segnale dell’insulina, fattori di crescita e vari fattori metabolici (iperglicemia, lipotossicità, infiammazione). Queste ricerche pubblicate in Endocrinology e Am J Physiol. sono state finanziate da AstraZeneca/BMS e Eli Lilly. Quest’ultima ha finanziato il gruppo di ricerca con un grant quadriennale, unico in Italia, finalizzato alla comprensione del danno cellulare di cellule progenitrici cardiache umane in corso di diabete e alla definizione del possibile ruolo protettivo del GLP-1. 
c) Vengono infine portati avanti studi finalizzati al miglioramento dell’approccio diagnostico-terapeutico rivolto a pazienti con diabete mellito. Nel corso di questi studi, sono state identificate mutazioni geniche responsabili di alterazioni di sviluppo del tessuto adiposo e di forme di diabete monogenico. Sono stati anche individuati nuovi marcatori genetici e biologici di insulino-resistenza e disfunzione adipocitaria e vascolare con possibili ricadute di ordine diagnostico e terapeutico. Questi studi sono stati finanziati dal Ministero della Salute e dal MIUR.
8) Linee di ricerca Emodinamica Interventistica: a) Stent coronarici di tipo ibrido a rapida endotelizzazione e basso impatto meccanico: MARTIN TRIAL-IBS; b) Palloncini Coronarici di tipo conico e con tip a becco di clarino: Conic Vascular; c) Stent periferici e nuove endoprotesi aortiche autoespandibili che ristabiliscano il flusso laminare: AGA Medical; d) Integrazione dell’imaging in senso multimodale: Ziehm.

11. CONSIGLIO DI INDIRIZZO

11.1 COMPONENTI DEL CONSIGLIO DI INDIRIZZO APPARTENENTI AD ALTRE UNIVERSITA’ NON CONSORZIATE

11.2 PRODUZIONE SCIENTIFICA DEL COORDINATORE E DEI COMPONENTI DEL CONSIGLIO DI INDIRIZZO (accertata dal rispetto dei parametri di produttività scientifica, differenziati per area e per fascia- Allegato A alle Linee Guida) 

Nota: Definizione di pubblicazione scientifica del Consiglio di Stato 2004: Ai fini concorsuali per pubblicazione scientifica deve intendersi non già una qualsiasi riproduzione di stampa dei lavori del candidato, ma l'opera pubblicata da un editore, il quale è l'operatore che cura non soltanto la riproduzione a stampa di un'opera, ma la sua diffusione fra il pubblico (Consiglio di Stato, sentenza 22.04.2004 n.2364) 

Le pubblicazioni verranno inserite automaticamente al momento della registrazione definitiva nella sezione partecipazione dei componenti del Consiglio di Indirizzo (cosa da fare nella propria pagina del sito docente: http://sitouniversitario.cineca.it). 


Avviso: per le informazioni sulle pubblicazioni bisogna far riferimento all'allegato A delle Linee Guida.

14. DOCUMENTATA SPENDIBILITA' DEL TITOLO PER LO SVOLGIMENTO DELL'ATTIVITA' DI RICERCA DI ALTA QUALIFICAZIONE PRESSO UNIVERSITA', ENTI PUBBLICI O SOGGETTI PRIVATI (D.M. 224/99, ART. 2). A TAL FINE, PER DOTTORATI CHE ABBIANO GIA' CONCLUSO PRECEDENTI CICLI, SARANNO VALUTATI GLI ESITI OCCUPAZIONALI DEI DOTTORI FORMATI.

Il dottorato ha concluso sinora i cicli XVII, XIX, XX, XXI, XXII, XXIII e XXIV. 
Il ciclo XVII: 3 dottorandi. La dr.ssa D.Leogrande è attualmente dirigente medico I livello a contratto presso i laboratori di Patologia Clinica dell'Osp. S.Giacomo di Monopoli(BA)e si occupa di Microbiologia.La dr.ssa MA.Miccoli è attualmemnte ricercatrice c/o i laboratori di ricerca della Polymecon, allocati nella Cittadella della Ricerca in Brindisi e si occupa della biocompatibilità e biodegradabilità dei polimeri di derivazione vinilica per uso medico.Il dr.S. Schena è Cardiochirurgo Assistant Professor presso il Department of Cardiothoracic Surgery, Washington University/Barnes-Jewish Hospital, St. Louis, MO, USA. La Dott.ssa L.Renna, ha conseguito il titolo nell'anno 2006, e svolge attività didattica nella scuola secondaria.
Il ciclo XIX: 5 dottorandi. La dott.ssa E.Cavalcanti attualmente svolge libera professione. La dott.ssa N.Fiore è in attesa di svolgere attività di ricerca a Ratisbona in Germania. La dott.ssa A.Natalicchio è ricercatrice c/o i laboratori della Sezione di Endocrinologia del DETO. La dott.ssa P.Pontrelli è tecnico laureato c/o la Sezione di Nefrologia del DETO, Università di Bari. La dott.ssa M.L.Scarasciulli svolge stabilmente attività di biologa presso l'U.O.C di Microbiologia e Virologia dell'Università di Bari.
Il ciclo XX: 5 dottorandi. Il Dott. L.De Benedictis attualmente svolge attività di collaboratore scientifico dell'azienda Miltenyi Biotec. La dott.ssa M.Saldarelli è ricercatrice presso l'Azienda Medestea SrL di Valenzano (BA). La dott.ssa F.De Stefano dopo il contratto col DETO si è trasferita a Milano ed attualmente svolge attività di insegnamento presso una scuola pubblica. La dott.ssa S.N.Cox (ex ciclo XIX) svolge attività di ricerca con assegno di ricerca presso i laboratori della Sezione di Nefrologia del DETO. Il Dott G.Dalfino è direttore tecnico del Ce.R.T.A. (Centri Regionali per le Tecnologie Alimentari) di Foggia. 
Il ciclo XXI: 3 dottorandi. La dott.ssa C.Divella attualmente svolge attività di ricerca presso la Sezione di Nefrologia del DETO, Università di Bari con un assegno di ricerca di Telethon. La Dott.ssa S.Granata svolge attività di ricerca presso l'Università di Verona con un assegno di ricerca e la Dott.ssa R.Melchiorre attualmente svolge attività di insegnamento presso una scuola pubblica.
Il ciclo XXII: 6 dottorandi. la Dott.ssa E.De Cillis svolge attività di ricerca con assegno di ricerca c/o la Sezione di Cardiochirurgia del DETO. La Dott.ssa C.Cosola svolge attività di collaborazione con il Ce.R.T.A. Il Dr.G.De Palma svolge attivita di ricerca presso il Consorzio CARSO di Valenzano con borsa della Regione Puglia. Il Dr.A.Cignarelli e la Dr.ssa M.Orlando svolgono attività di ricerca presso i laboratori della Sez. di Endocrinologia del DETO con assegno di ricerca di 2 anni. Il Dr.P.Fuzio svolge attività di ricerca c/o il CNR.
Il ciclo XXIII: 5 dottorandi. La Dott.ssa A.Leonardini svolge attività di ricerca c/o i laboratori della Sez. di Endocrinologia del DETO con assegno di ricerca. La Dott.ssa T.Tataranni svolge attività di ricerca c/o IRCCS di Rionero. La Dr.ssa G.Serino svolge attività di ricerca con assegno di ricerca c/o i laboratori della Sez. di Nefrologia del DETO. Il Dr. A.Peschechera svolge attività di ricerca c/o i laboratori della Sez. di Endocrinologia del DETO con borsa di ricerca di 2 anni. Il Dr.M.Rossini è dirigente medico c/o l'A.O. Policlinico di Bari.
Il ciclo XXIV: 4 dottorandi. La Dott.ssa F.Tortosa svolge attività di ricerca c/o i laboratori della Sezione di Endocrinologia del DETO con co.co.co. di 1 anno. La Dott.ssa M. Cariello svolge attività di ricerca c/o Mario Negri Sud. La Dr.ssa C.Curci svolge attivita di ricerca c/o il Consorzio CARSO di Valenzano con borsa della Regione Puglia. Il Dr. V.Costantino svolge attività di ricerca c/o un'azienda farmaceutica.

Note

I dati forniti sull'attività svolta dai dottori, dopo aver conseguito il titolo, sono relativi al primo anno post-dottorato e non aggiornati.

Numero di studenti che hanno conseguito il titolo di dottore di ricerca negli ultimi 5 anni suddivisi per ciclo e per attuale collocazione nel mondo del lavoro. La presente tabella è riferita ai dottori di ricerca che hanno frequentato i corsi di dottorato confluiti nella Scuola.

15. DATI STORICI

18. STRUTTURE OPERATIVE E SCIENTIFICHE A DISPOSIZIONE DELL'INDIRIZZO

 19. MISURE ATTE ALL'ACCOGLIENZA DI STUDENTI STRANIERI

Il Dottorato di Ricerca collabora da molti anni con le Strutture nazionali ed internazionali allegate nella sezione N.8, come risulta dalle pubblicazioni dei docenti del Dottorato. Il Dottorato ha ospitato nel corso degli anni docenti e allievi degli altri dottorati per periodi variabili di training. Ci sono anche scambi di dottorandi per la realizzazione di progetti di ricerca. Negli anni scorsi si è svolto un corso triennale di Dottorato Europeo a cui hanno partecipato le stesse Università, rilasciando un diploma europeo. Sulla base dell'esperienza maturata, le strutture del Dottorato di Ricerca possono accogliere dottorandi stranieri che parlino la lingua italiana e/o inglese perchè l'attività di ricerca ed i seminari sono svolti con relazioni in entrambi le lingue. Il Dottorato continua a collaborare con le istituzioni straniere allegate nella sezione N.8. Di concerto con altri Dottorati sono organizzati corsi di lingua italiana e inglese per studenti stranieri