Vingi Sara

Riassunto in italiano
I Norovirus (NoV) sono riconosciuti come uno dei principali agenti enteropatogeni umani, trasmissibili tramite consumo di alimenti o acqua contaminata e tramite contatto diretto o indiretto. I NoV sono molto diversi da punto di vista genetico, e ciò rappresenta una sfida per diagnostica, classificazione e per lo sviluppo di vaccini. L’analisi di campioni provenienti da pazienti ospedalizzati è un ottimo sistema per generare dati epidemiologici a livello di popolazione. Nella presente tesi sono stati analizzati ceppi NoV identificati negli anni 2014, 2015 e 2016 in Puglia. Un totale di 20 stipiti NoV su 177 sequenziati (11%) a livello di regione C sono stati tipizzati come GII.6. La prevalenza dei virus GII.6 è stata pari al 33% (5/15) nel 2014, 16% (7/44) nel 2015 e 7% (8/18) nel 2016. L’analisi di una porzione informativa del genoma ha messo in evidenza che i virus GII.P7_GII.6 identificati a Bari erano simili a ceppi identifcati nello stesso periodo a Parma ed in anni recenti in altri paesi europei ed extra-europei (sotto-tipo 6b), ma diversi da ceppi identificati in precedenza (2011-2013) a Palermo (sotto-tipo 6a), suggerendo ripetute re-introduzioni sul territorio italiano di tali virus ricombinanti. I dati dimostrano l’importanza di ceppi non-GII.4 sul territorio nazionale e rilfettono pattern analoghi osservati dalle reti di sorveglianza Calicinet (USA) e Noronet. Poiché i NoV inducono un’immunità sostanzialmente tipo-specifica, questi dati possono essere rilevanti per lo sviluppo e ottimizzazione dei vaccini
Abstract in inglese
Noroviruses (NoVs) are recognized as major human enteric pathogens, transmitted to human through consumption of contaminated food or water or through either direct or indirect contact. NoVs are genetically diverse and this represents a challenge for the diagnostics, classification and for the development of vaccines. Analysis of samples obtained from hospitalized patients is helpful to generate epidemiological data at the population level. In this thesis, NoV strains identified during the years 2014, 2015 and 2016 in Puglia were analyzed. A total of 20 NoV strains out of 177 strains sequenced (11%) in region C were typed as GII.6. The prevalence of GII.6 viruses was 33% (5/15) in 2014, 16% (7/44) in 2015 and 7% (8/18) in 2016. Upon genome analysis, the GII.P7_GII.6 viruses identified in Bari were similar to strains identified during the same period in Parma and, in recent years in other European and non-European countries (subtype 6b), but they were different from strains identified previously (2011-2013) in Palermo (subtype 6a), suggesting repeated introductions into the Italian territories of those recombinant viruses. The findings highlight the importance of non-GII.4 NoV strains in Italy and reflect similar patterns observed by the surveillance networks Calicinet (USA) and Noronet. As NoVs induce mainly a type-specific immunity, these data can be relevant for the development and optimization of vaccines.