Ricerca

Attività di Ricerca

1) Sviluppo di strategie sperimentali, basate su sequenziamento massivo e altri approcci di biologia molecolare, per il sequenziamento genomico, l’analisi del profilo trascrizionale, del pattern di splicing alternativo, dell’RNA editing e di altri caratteri epigenetici.

2) Sviluppo di metodologie bioinformatiche e banche dati specializzate per l’analisi e la caratterizzazione funzionale di dati “omici”. In particolare, le metodologie bioinformatiche comprendono: i) assemblaggio e annotazione di genomi virali, procariotici ed eucariotici; ii) studio del trascrittoma in procarioti ed eucarioti e del pattern di splicing alternativo di geni eucariotici; iii) identificazione e caratterizzazione funzionale di eventi di RNA editing; iv) analisi epigenetiche; v) evoluzione e caratterizzazione funzionale del genoma mitocondriale; vi) caratterizzazione tassonomica e funzionale del microbioma.

3) Identificazione di biomarker e caratterizzazione dei processi molecolari specifici nell’invecchiamento, nelle malattie neurodegenerative e nei tumori;

4) Studio del microbioma in campioni clinici e ambientali mediante approcci di metagenomica.

Progetti

H2020-INFRAEOSC-2018-2020 EOSC-Life (2019-2023)- Providing an open collaborative space for digital biology in Europe (Project Research Unit coordinator)
FISM 2017 (2019-2020) - Epstein-Barr virus genotypes in multiple sclerosis and their functional relevance in the disease etiology (Project Research Unit coordinator)
Cluster Tecnologici Regione Puglia (2015-2017) - "DICLIMAX: Strumentazione per diagnostica clinica basata su next generation sequencing di acidi nucleici" (Project Research Unit coordinator)
H2020-INFRASUPP-2014-2 GLOBIS-B (2015-2018)- GLOBal Infrastructures for Supporting Biodiversity research (Project Research Unit coordinator)
H2020-INFRADEV-1-2015-1 ELIXIR-EXCELERATE (2015-2019) - Fast-track ELIXIR implementation and drive early user exploitation across the life sciences (Project Research Unit coordinator)
H2020-BG-2014-2 INMARE (2015-2019) - Industrial Applications of Marine Enzymes: Innovative screening and expression platforms to discover and use the functional protein diversity from the sea (Project Research Unit coordinator)
H2020-INFRADEV-1-2014-1 EMBRIC (2015-2019)- European Marine Biological Research Infrastructure Cluster to promote the Blue Bioeconomy (Project Research Unit coordinator)
H2020-EINFRA-2014-2 INDIGO (2015-2017) - INtegrating Distributed data Infrastructures for Global ExplOitation (Project Research Unit coordinator)

ERC HomeoGUT (2014-2019) - Immune mechanisms that control the homeostasis of the gut and that are deregulated in intestinal pathologies (G.A: 615735) (Project research unit coordinator)
FP7 INFRASTRUCTURES-2011-2 - BioVel (2011-2014) - Biodiversity Virtual e-laboratory - (GRANT AGREEMENT FP7 N. 283359) (Project research unit coordinator)
FP7 INFRASTRUCTURES-2011-2 - CReATIVE-B (2011-2014) - Coordination of Research e-Infrastructures Activities Toward an International Virtual Environment for Biodiversity (GRANT AGREEMENT FP7 N. 284441) (Project research unit coordinator)
FISM (2011-2014) - High-throughput investigation of Multiple Sclerosis associated infectious agents by unbiased cDNA deep sequencing (Project coordinator)
FISM (2010-2013) - Characterization of Epstein-Barr virus genotypes in multiple sclerosis through next generation sequencing approaches (FISM 2011/R/31) (Project research unit coordinator)
PO FESR 2007-2013 - PON02_00186_34147512 (2012-2015) - Strumenti Innovativi per il Miglioramento della Sicurezza Alimentare (S.I.Mi.S.A.) (Project research unit coordinator)
ARISLA- REDISALS - RNA editing landscape of motor neurons in sporadic ALS by massive transcriptome sequencing (Project coordinator)
PO FESR 2007-2013 - VIRTUALAB PON 01_01297 (2011-2015) - Sistemi avanzati di Meccatronica Biomedicale di Diagnosi di Terapia Medica basati su Realtà Virtuale e Aumentata, Microelettronica, e su Laboratori robotizzati ad elevato throughput (Project research unit coordinator)
PO FESR 2007-2013 - MICROMAP PON 01_02589 (2011-2015) - Sviluppo di una piattaforma tecnologica multiplex per diagnostica molecolare, portatile ed automatizzata, basata sulla logica strumentale del lab-on-chip, in grado di consentire applicazioni multiparametriche in campo infettivologico. (Project research unit coordinator)
PO FESR 2007-2013 - BIOforIU PONa3_00025 (2012-2015) - Infrastruttura multidisciplinare per lo studio e la valorizzazione della Biodiversità marina e terrestre nella prospettiva della "Innovation Union” (Project coordinator)
Progetto bandiera CNR – EPIGEN (2012-2018) (Project research unit coordinator)
Progetto ESFRIELIXIR (2012-2023) - European infrastructure for biological data (Project coordinator)
Progetto ESFRILifewatch (2012-2023) - European infrastructure for Molecular Biodiversity (Project research unit coordinator)
Eu-JPI ENPADASI (2015-2016) - the European Nutrition Phenotype Assessment and Data Sharing Initiative (Project research unit coordinator)

Collaborazioni

Dipartimento di Bioscienze, Università di Milano

INFN, Bari

Expertises

Biologia Molecolare e cellulare

Bioinformatica

Internship

Filomena Ermes

Manzi Luigi

PhD Students

Giuseppe De Fazio

Postdoc

Balech Bachir

De Robertis Mariangela

Diroma Maria Angela

Lavecchia Anna

Le Pera Loredana

Leoni Claudia

Lo Giudice Claudio

Marzano Flaviana

Marzano Marinella

Oranger Annarita

Tangaro Marco

Tartari Giacomo